Merci pour vos réponses. J'ai essayé de joindre le fichier RAW GPP (que j'ai backup sur la SD en fat32) avec le script mais ça n'a pas fonctionné, le script se ferme dès que je choisis le dossier de création du fichier assemblé.
En testant avec H2Test il ne sort qu'environ 30Go d'exploitables sur 512 annoncés, le reste est corrupt... Je suis allé un peu trop à l'économie ! Il est donc probable que l'emuMMC était corrupt à sa création (tout comme le backup de la NAND, heureusement que je n'ai pas tenté de restore !).
Je vais acheter un nouvelle SD (legit cette fois...), je clôture le sujet si ça fonctionne !