Parce que le sky3ds est compatible tous firmwares alors que les autres sont 10.3 max.
Parce que le gateway possède un linker nds et 3ds.
Parce que le gateway permet d'acceder à une fonction action replay (la plus fournie, la plus facile à mettre en place).
Parce que les linkers sont plus rapide à mettre en place que les cfws.
Parce que les linkers sont aussi plus facile à mettre en place si l'utilisateur n'est pas très à l'aise avec les manipulations informatiques.
Ce sont quelques raison d'acheter un linker. 
Tout le monde trouveras son bonheur la où il le souhaite. La scène 3ds est bien dans le sens où il n'y a pas (encore) trop de solutions similaires, on a le choix entre deux linkers(principalement) aux fonctionnalités différentes, et deux cfws + un cfw spécialisé dans le mod/romhack.